Năm 2016, Đại học Huế đã kiện toàn Hội đồng Đại học Huế nhiệm kỳ 2011-2016, thành lập Hội đồng trường và bổ nhiệm Chủ tịch Hội đồng trường của 08 trường đại học thành viên. Đây là một tổ chức lần đầu tiên được thành lập trong trường đại học công lập tại Việt Nam theo quy định của Luật Giáo dục đại học; là tổ chức quản trị, đại diện quyền sở hữu của nhà trường. Hội đồng trường có nhiệm vụ, quyền hạn: Quyết nghị chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển và quy chế về tổ chức và hoạt động của nhà trường; Quyết nghị phương hướng hoạt động đào tạo, khoa học và công nghệ, hợp tác quốc tế, bảo đảm chất lượng giáo dục; Quyết nghị về cơ cấu tổ chức và phương hướng đầu tư phát triển của nhà trường; Quyết nghị về việc thành lập, sáp nhập, chia, tách, giải thể các tổ chức của cơ sở giáo dục đại học; Giám sát việc thực hiện các nghị quyết của Hội đồng trường, việc thực hiện quy chế dân chủ trong các hoạt động của nhà trường. Việc thành lập và bổ nhiệm chủ tịch Hội đồng trường góp phần đưa hoạt động của nhà trường ngày càng hoàn thiện và bền vững. Để hoàn thiện hệ thống văn bản quản lý, điều hành thống nhất trong toàn Đại học Huế sau khi Thông tư 08/2014/TT-BGDĐT của Giáo dục và Đào tạo được ban hành, năm 2016 Đại học Huế đã ban hành các văn bản và áp dụng thành công trong thực tiễn. Đó là các văn bản: Quy định về tuyển dụng viên chức trong Đại học Huế; Quy định về kéo dài thời gian làm việc đối với giảng viên đủ tuổi nghỉ hưu; Quy định về đánh giá, phân loại đối với đơn vị, công chức, viên chức, người lao động và bổ sung lý lịch công chức, viên chức, người lao động; Quy định về bồi hoàn chi phí đào tạo đối với viên chức được cử đi đào tạo, bồi dưỡng trong nước và nước ngoài; Quy định nâng bậc lương trước thời hạn. Cũng trong năm qua, Đại học Huế đã ban hành Quy chế Tổ chức và hoạt động và Quy định chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của các trường đại học thành viên và đơn vị trực thuộc; Đề án vị trí việc làm của các trường đại học thành viên và đơn vị trực thuộc Đại học Huế. Việc xây dựng đề án vị trí việc làm đối với các trường đại học thành viên và các đơn vị trực thuộc trong thời gian qua là không dễ dàng vì còn quá mới mẻ, mặc dù quy định này đã được ban hành năm 2012 tại Nghị định số 41/2012/NĐ-CP của Thủ tướng Chính phủ. Nhưng với sự nỗ lực, cố gắng của các đơn vị và sự phối hợp chặt chẽ giữa các đơn vị và Đại học Huế, các đề án vị trí việc làm của các đơn vị được xây dựng thành công với chất lượng tốt. 

Những ngày cuối năm 2016, Đại học Huế được chọn đánh giá cơ sở đào tạo từ dự án SHARE. Đây là một tin vui thật sự cho Đại học Huế kể từ ngày chúng ta trở thành một thành viên liên kết của Tổ chức Đảm bảo chất lượng mạng lưới các trường Đại học Đông Nam Á (AUN-QA). Từ đây, có thể thấy những thách thức đang chờ chúng ta ở phía trước cùng với những cơ hội vàng khi chúng ta có thể có được một tầm nhìn xa hơn, thấy được chúng ta đang đứng ở bậc nào trên nấc thang đo chất lượng giáo dục quốc tế; để từ đó chúng ta tiếp tục sự nghiệp giáo dục mang tên “Đại học Huế” hay một nói một cách khác quan trọng hơn “Giáo dục Việt Nam”. Điều trước tiên, Đại học Huế chúng ta phải cam kết về chất lượng giáo dục. Với ưu thế là Đại học của vùng đất Thần kinh, là “đất học” trong quan niệm của mọi người, với đội ngũ giảng viên hùng hậu có học vị học hàm cao, với các thế hệ sinh viên chăm chỉ, cần mẫn, nuôi dưỡng ước mơ vươn ra thế giới, chất lượng giáo dục cũng không quá xa tầm tay với. Hiện tại, công tác ĐBCLGD của Đại học Huế đang được Ban giám đốc chú trọng, là một trong sáu mảng công việc cần làm ngay. Về đánh giá cơ sở đào tạo, Trường Đại học Nông Lâm và Trường Đại học Y Dược đã được đánh giá ngoài và có kết quả khả quan sau thành công ở đánh giá nội bộ cấp Đại học Huế. Các trường Đại học Khoa học và Đại học Sư Phạm cũng đã được đánh giá nội bộ, sẵn sàng cho Đánh giá ngoài sắp đến. Tất cả các trường thành viên khác cũng ráo riết chuẩn bị hồ sơ, báo cáo tự đánh giá để được đánh giá nội bộ và đánh giá ngoài trước tháng 5 năm 2017. Về đánh giá chương trình đào tạo, Trung tâm đang lên kế hoạch và Trường Đại học Nông Lâm sẽ là đơn vị tiên phong đăng ký đánh giá hai chương trình tiêu biểu. Phải thừa nhận rằng đảm bảo chất lượng giáo dục là một cuộc hành trình không có điểm đến. Chúng ta chỉ có những điểm dừng ở những cột mốc quan trọng để có thể nhìn lại, đánh giá chặng đường đã đi qua, tiên liệu những trở ngại, khó khăn trên con đường phía trước, sẵn sàng đối phó với thử thách. Những hoạt động ĐBCLGD mà chúng ta đã thực hiện được trong những năm gần đây đã tạo được một chuyển biến mạnh mẽ trong nhận thức về văn hoá chất lượng, để từ đó trong mỗi hoạt động thường nhật trong khuôn viên đại học, mọi giảng viên, cán bộ, nhân viên, và sinh viên Đại học Huế đều thấy được trách nhiệm của mình và hướng tới các mốc chuẩn, “làm đúng trước khi làm tốt” nhằm phát huy điểm mạnh và cải tiến hạn chế, tồn tại. Một khi chất lượng giáo dục của Đại học Huế chúng ta được nâng tầm, tương quan với các cơ sở giáo dục khác trong khu vực, việc hội nhập của chúng ta sẽ diễn ra suông sẻ. Các chương trình trao đổi học thuật, trao đổi tín chỉ, giao lưu văn hoá, và trao đổi nguồn nhân lực lao động sẽ diễn ra rộng khắp trong toàn khu vực. Đây là điều kiện tiên quyết cho một cộng đồng kinh tế Đông Nam Á (AEC) và Châu Á – Thái Bình Dương (APEC) chắp cánh bay cao. Chào năm mới 2017!