Tuy nhiên, với âm mưu chia cắt lâu dài đất nước ta, biến miền Nam thành một quốc gia riêng rẽ, một căn cứ quân sự, một tiền đồn chống phá cách mạng ở Đông Nam châu Á, Mỹ và chính quyền Ngô Đình Diệm đã từ chối mọi đề nghị của Chính phủ Việt Nam dân chủ cộng hòa về việc hiệp thương tổng tuyển cử thống nhất đất nước. Được sự hỗ trợ của Mỹ, ngay sau Hiệp định Genève, chính quyền Ngô Đình Diệm tiến hành đàn áp và khủng bố dã man đối với những người yêu nước, những người kháng chiến thông qua các chiến dịch “tố Cộng”, “Luật 10/59”; thực hiện nhiều chính sách cực kỳ phản động, đi ngược lại khát vọng thống nhất đất nước của nhân dân ta, như tổ chức “trưng cầu dân ý” (23-10-1955), bầu cử “Quốc hội lập hiến” (4-3-1956), ban hành Hiến pháp (26-10-1956),…

Từ  giữa năm 1956, sau khi tạm thời vượt qua những khó  khăn, chính quyền Ngô Đình Diệm tính đến việc xây dựng một hệ thống chính sách hoàn chỉnh nhằm phục vụ có hiệu quả cho sự thống trị lâu dài của chúng ở miền Nam, trong đó giáo dục đại học được xem là một trong những chính sách quan trọng. Và Huế nằm trong tầm nhìn của chính quyền Ngô Đình Diệm cho việc thiết lập một Viện Đại học.

Tuy nhiên, như chúng ta đã biết, Huế là kinh đô cũ của nước Việt Nam, dưới ách thống trị của thực dân Pháp, một thời từng là nơi ấp  ủ chí lớn của bao thế hệ. Từ đầu thế kỷ XX, Huế là nơi quy tụ nhiều nhà cách mạng nổi triếng của cả nước, như  Phan Bội Châu, Phan Châu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng, … Những lãnh tụ của Đảng và Nhà nước đã từng hoạt động một thời ở Huế, như Nguyễn Tất Thành, Lê Duẩn, Phan Đăng Lưu, Nguyễn Chí Thanh, Võ Nguyên Giáp, …

Huế  là trung tâm Phật giáo của đất nước, trong những năm 1930, phong trào chấn hưng Phật giáo ở Trung Kỳ đã khởi đầu từ chùa Từ Đàm và nhanh chóng lan rộng khắp miền Trung và tận đến đồng bằng sông Cửu Long. Rất nhiều bậc cao tăng danh tiếng ở Huế đã trưởng thành từ phong trào chấn hưng Phật giáo, để rồi cùng góp sức với cả dân tộc trong sự nghiệp giải phóng đất nước. Giới giới lãnh đạo Phật giáo miền Nam, kể cả tăng già và cư sĩ đều thường trú ở Huế.

Sau năm 1954, Huế vẫn là nơi tập trung nhiều nhà  khoa bảng, là trung tâm chính trị – văn hóa thứ  hai sau Sài Gòn. Điều quan trọng hơn nữa, Huế có một bề dày truyền thống yêu nước và cách mạng, nơi mà phong trào cách mạng dưới sự lãnh đạo của Đảng đã diễn ra hết sức sôi nổi và giành được những thắng lợi to lớn, có tác động đến sự thắng lợi của phong trào cách mạng chung của cả nước. Tất cả đã trở thành một lực cản to lớn đối với chính sách thống trị của chính quyền Ngô Đình Diệm.

Do tính chất và đặc điểm của Huế như đã trình bày, nên chính quyền Ngô Đình Diệm đã thiết lập ở đây một hệ thống cai trị  “cực mạnh”. Ngoài bộ máy chính quyền tỉnh Thừa Thiên và thành phố Huế còn có một bộ máy cai trị cấp miền, như Tòa Đại biểu Chính phủ Trung nguyên Trung phần, Nha Cảnh sát Trung nguyên Trung phần, Tòa lãnh sự Mỹ, Đội Công tác đặc biệt miền Trung, Đảng Cần lao Nhân vị, … Trực tiếp chỉ đạo hệ thống cai trị này là Cố vấn chính trị Ngô Đình Cẩn (em ruột Ngô Đình Diệm). Có thể nói dưới chế độ Ngô Đình Diệm, Huế như là “một triều đình thứ hai” sau Sài Gòn.

Dưới bàn tay bạo chúa Ngô Đình Cẩn, những cuộc lùng bắt và tra tấn dã man đối với những người bị chính quyền Sài Gòn xem là cộng sản và đối lập diễn ra với quy mô lớn và có tính thường xuyên. Từ ngày 29-6 đến ngày 8-8-1956, theo lệnh Ngô Đình Cẩn, nhân viên Ban Khai thác Nha Cảnh sát Công an Trung Việt đã bắt, tra tấn và giam cầm trái phép 25 người với tội gán cho là “hoạt động cộng sản”, trong đó có 22 người thường trú tại Huế. Chính chính quyền Ngô Đình Diệm tại Thừa Thiên cũng phải thú nhận rằng đây là “việc bắt người sai nguyên tắc … là những việc làm hiển nhiên đã xảy ra trong tỉnh”. Những cuộc tra tấn của thủ hạ Ngô Đình Cẩn hết sức khốc liệt. Có người sau cuộc sơ vấn đã tìm cách tự tử, có người phải quyên sinh khi được tin sắp bị bắt 5. Từ năm 1957, Ngô Đình Cẩn và tay chân đã tạo ra “Vụ án gián điệp miền Trung” giả tạo. Với vụ án này, rất nhiều người ở các tỉnh miền Trung bị Ngô Đình Cẩn và tay chân ghép vào tội làm gián điệp cho Pháp, tập trung nhất là ở Huế.

Cùng với hệ thống cai trị trên đây, “dưới nhãn quan chính trị của chính quyền Sài Gòn, thành lập Viện Đại học Huế … nhằm nhiều mục tiêu, nhưng mục tiêu chủ yếu là tạo ra một lực lượng văn hóa – giáo dục mạnh ở miền Trung cùng hợp sức với nhiều lực lượng khác: chính trị, quân sự, kinh tế … để đẩy lùi chủ nghĩa cộng sản, đẩy lùi phong trào cách mạng Việt Nam, ngăn chặn sự nghiệp thống nhất đất nước của nhân dân ta như Hiệp định Genève (21-17-1954) đã qui định”. Ngô Đình Diệm xem việc thành lập Viện Đại học Huế như là một trong những thành trì bảo vệ Huế, bảo vệ “Việt Nam Cộng hòa” trước sự tiến công của phong trào cách mạng Việt Nam: “Hiện nay dân chúng xôn xao đồn đại rằng chính phủ một ngày nào đó có thể bỏ Huế, vì hiện nay Huế không quan trọng lắm về phương diện chính trị, kinh tế. Vậy lập Viện Đại học Huế là chứng minh cụ thể với dân chúng, với quốc tế cũng như với bên kia rằng chính phủ nhất định bảo vệ Huế. Huế chỉ cách vĩ tuyến 17 khoảng 100 cây số, lập ở đây một Đại học lớn chẳng khác nào thách đố với bọn cộng sản”.

Trong diễn văn đọc tại buổi lễ khai giảng đầu tiên của Viện Đại học Huế (12-11-1957), Ngô Đình Diệm nhấn mạnh đến vai trò quan trọng của sinh viên trong việc góp phần đẩy lùi chủ nghĩa cộng sản: “Những tinh hoa này phải được coi là thành trì kiên cố nhất và mạnh mẽ nhất trước sự đe dọa tàn bạo của một học thuyết ngoại lai duy vật”, rằng “Thanh niên phải sáng suốt nhận định trách nhiệm của mình và luôn luôn cố gắng trau dồi đức độ và học thức về kỹ thuật. Lấy đức độ để phát huy văn hóa nước nhà, lấy kỹ thuật để chen vai thích cánh với các nước trong trào lưu tiến bộ của nhân loại ngày nay. Có như thế, thanh niên mới bảo vệ được nền văn hóa cổ truyền chống lại sức xâm nhập của thuyết ngoại lai duy vật và vong bản. Có như thế, thanh niên tại nơi đây, một thanh niên tiền tuyến của khu vực tự do dân chủ, mới có thể là những chiến sĩ tiên phong chống độc tài cộng sản”.

Mục  đích chính trị trên đây cũng được nhắc lại nhiều lần trong các diễn văn, các bài phát biểu của giới lãnh đạo Bộ Giáo dục “Việt Nam Cộng hòa” và Viện Đại học Huế lúc bấy giờ. Trần Hữu Thế, khi giữ chức vụ Bộ trưởng Giáo dục năm 1958, đã phát biểu: “Nhà trường không phải chỉ lo giáo dục con em, mà còn phải thực hiện tất cả các quốc sách “chống Cộng”, “tổ cộng đồng dân lập”, “khu dinh điền, “khu trù mật”; trong diễn văn đọc trong dịp lễ khai giảng năm học 1961-1962 (3-10-1961), Cao Văn Luận, Viện trưởng Viện Đại học Huế khẳng định lại một lần nữa: “Việc duy trì ở một thành phố gần Bến Hải, một trung tâm đại học tân tiến, nói lên khả năng và sự tin tưởng của Việt Nam cộng hòa vào tương lai sáng lạn và sự toàn thắng của giá trị tinh thần, của chính nghĩa tự do dân chủ đối với chủ nghĩa vô thần, một chế độ tàn bạo”; hoặc trong thư mời “Tổng thống Việt Nam Cộng hòa” dự Lễ Khai giảng Viện Đại học Huế niên khóa 1968-1969, Viện trưởng Viện Đại học Huế Nguyễn Thế Anh viết: “Sự hiện diện của Tổng thống vào dịp này chẳng những sẽ tăng phần trọng thể cho buổi lễ mà điều quan trọng là sẽ nói lên đầy đủ ý nghĩa cho đối phương thấy rõ quyết tâm của Tổng thống trong việc bảo vệ miền Trung, một cơ quan văn hóa đầu nảo của miền này, ở sát địa đầu giới tuyến, qua biết bao tàn phá đổ của biến cố Mậu Thân do đối phương gây nên, vẫn cố gắng duy trì và củng cố ngày thêm lớn mạnh hàu tạo thêm niềm tin tưởng cho đồng bào đối với Chính nghĩa Quốc gia”.

Trong bối cảnh lịch sử như đã đề cập, để tiến tới việc thành lập Viện Đại học tại Huế, từ ngày 25 đến ngày 27-2-1957, chính quyền Sài Gòn  đã cử một phái đoàn của Bộ Quốc gia Giáo dục (Sài Gòn), gồm Tổng Thư ký Bộ Quốc gia Giáo dục, Viện trưởng Viện Đại học (Sài Gòn), Giám đốc Trường Cao đẳng Kiến trúc và Phó Giám đốc Nha Hành chính, Tài chính và Văn hóa Viện Đại học, thực hiện chuyến công cán tại Huế với mục đích nghiên cứu những vấn đề chủ yếu như tìm kiếm trụ sở, nhân viên giảng huấn, nhân viên văn phòng nhằm tiến đến việc thiết lập Viện Đại học tại Huế. Phái đoàn đã tiếp xúc và thảo luận với một số viên chức chính quyền và nhân sĩ tại Huế, nhấn mạnh đến ảnh hưởng chính trị và văn hóa của việc thành lập Viện Đại học Huế; đồng thời tìm hiểu khả năng hiện có của Đô thị Huế về trụ sở, nhân viên, vật liệu, v.v. …, tình hình và khuynh hướng của học sinh lớp Đệ nhất Trung học, nhu cầu về nhân viên chuyên môn hay chuyên nghiệp của các cơ quan hành chính, xã hội và văn hóa tại miền Trung, nguyện vọng chung về việc mở các ngành đại học.

Sau khi tham khảo các ý kiến cùng với việc khảo sát thực tế, Phái đoàn kết luận về các ngành học cần mở tại Huế từ niên học 1957-1958:

Luật khoa: Năng lực I và Cử nhân.

Y Dược gồm Cán sự Y tế: Niên khóa 1957-1958, thâu nhận học sinh năm thứ 3 Khóa I của Trường Cán sự  Y tế Sài Gòn ra Huế tiếp tục học lý thuyết và thực hành; Niên khóa: 1958-1959, mở năm thứ  I tại Huế và Nữ Hộ sinh Quốc gia.

Khoa học: Toán học đại cương.

Văn khoa:  Lớp Dự bị Văn khoa Việt Nam.

Cao đẳng Sư phạm (một vài ngành): Văn chương cổ  điển và Văn chương sinh ngữ.

Về  đội ngũ giảng viên, có thể xem đây là  vấn đề khó khăn nhất, bởi đội ngũ  có đủ bằng cấp và trình độ để tuyển dụng làm nhân viên giảng huấn ở Huế rất hiếm hoi. Sau khi khảo sát, nắm bắt thực tế, Phái đoàn kết luận về việc tuyển chọn giảng viên cho các ngành học như sau:

Luật khoa:  – Năng lực gồm 4 Thẩm phán có bằng cử  nhân hay Luật học, có thể nhận làm giảng viên; Khoa học (Toán học đại cương) có 1 cử nhân, Ban Văn khoa đủ cả các ngành Triết lý, Sử Địa, Việt văn, Anh văn và Pháp văn, nhưng mỗi ngành ở Huế chỉ có thể tuyển dụng 1 người.

Trừ  trường Cán sự Y tế và Nữ hộ sinh Quốc gia, số giảng viên có thể tuyển dụng ở Huế chỉ được 10 người. Để đảm bảo yêu cầu chất lượng đào tạo, Phái đoàn cho rằng không chỉ mời giáo sư từ Sài Gòn ra giảng dạy mà phải mời giáo sư người Việt từ nước ngoài về như Ông Lê Văn và ông Lê Tuyên.

Phái  đoàn thống nhất đề nghị chính quyền Sài Gòn “bổ nhiệm linh mục Cao Văn Luận làm Đại diện Viện trưởng Đại học để phụ trách việc tổ chức và điều hành Chi nhánh Huế; đặt thuộc quyền sử dụng của Bộ Quốc gia Giáo dục một số nhân viên văn phòng và công xa của Tòa Đại biểu để phục vụ tại Chi nhánh Đại học Huế” và “để công việc thiết lập Chi nhánh tiến hành được mau chóng, thiết lập một quỹ ứng trước 1.000.000$00 tại Viện Đại học để trang trải chi phí công tác và khẩn cấp”.

Công tác chuẩn bị cho việc thành lập Viện Đại học tại Huế đến đây về cơ bản đã hoàn tất. Ngày 1-3-1957, chính quyền Sài Gòn ra Sắc lệnh số 45-GD thành lập Viện Đại học Huế. Điều thứ nhất của Sắc lệnh ghi: “Nay thiết lập tại Huế một Viện Đại học và một số trường chuyên môn phụ thuộc, lấy tên là “Viện Đại học Huế”.

Cũng trong ngày 1-3-1957, chính quyền Sài Gòn ra Nghị định 95-GD “mở tại Viện Đại học Huế, trong niên khóa 1957 – 1958, những ban và lớp sau: 1. Năm Dự bị Văn khoa, 2. Năm Thứ nhất Luật khoa, 3. Năm Thứ nhất Năng lực Luật khoa, 4. Ban Toán học đại cương, 5. Năm Thứ nhất Nữ hộ sinh Quốc gia, 6. Năm Dự bị Cao đẳng Mỹ thuật, 7. Chi nhánh Trường Cán sự Y tế Sài Gòn, 8. Chi nhánh Trường Cao đẳng Sư phạm Sài Gòn”, trong đó “các năm Dự bị Văn khoa, năm thứ nhất Luật khoa, năm thứ nhất Năng lực Luật khoa, 4. ban Toán học đại cương và năm thứ nhất Nữ hộ sinh Quốc gia sẽ được tổ chức theo như Viện Đại học Sài Gòn” và “năm Dự bị Cao đẳng Mỹ thuật và các lớp trường Cán sự Y tế và Cao đẳng Sư phạm sẽ được tổ chức theo như trường Quốc gia Cao Đẳng Mỹ thuật, trường Cán sự Y tế và trường Cao đẳng Sư phạm tại Sài Gòn”.

Để tổ chức và điều hành Viện Đại học Huế, theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Quốc gia Giáo dục nhằm “để tiết kiệm công quỹ và để giúp đỡ chuyên môn cho Viện Đại học Huế, nhất là trong thời kỳ sơ khai, Bộ tôi đề nghị Tổng Thống cử Ô. Viện trưởng Viện Đại học Sài Gòn kiêm nhiệm Viện trưởng Viên Đại học Huế”; mặt khác, “để cho công việc chuẩn bị khai giảng các Trường được tiến hành nhanh chóng và kịp thời, cần phải cử ngay từ bây giờ một vị đại diện Viện trưởng thường trực tại Huế. Để giữ chức vụ này, tôi xin đề nghị Tổng Thống cử Linh mục Cao Văn Luận, Cử nhân Triết học, hiện giáo sư tại Trường Quốc Học”. Ngày 6-3-1957, chính quyền Sài Gòn ký Sự Vụ lệnh số 96-GD cử ông Nguyễn Quang Trình, Viện trưởng Viện Đại học Sài Gòn, kiêm nhiệm chức vụ Viện trưởng Viện Đại học Huế và Linh mục Cao Văn Luận, Cử nhân Triết học, làm Đại diện Lâm thời của Viện trưởng Viện Đại học Huế.

Tiếp theo, ngày 22-3-1957, chính quyền Sài Gòn ra Nghị định số 523-GD “thiết lập về tài khóa 1957 cho Bộ Quốc gia Giáo dục, một quỹ ứng trước mà việc sử dụng phải được chứng minh sau đó trang trải các khoản tiêu cần kíp trong buổi đầu thiết lập Viện Đại học Huế”. Điều thứ 5 của Nghị định này quy định: “Ông Nguyễn Quang Trình, Viện trưởng Viện Đại học được cử chức vụ Quản lý kế toán quỹ này”. Từ hạ tuần tháng 3-1957, Viện Đại học Huế chính thức đi vào hoạt động.

Như  vậy, lúc mới thành lập, Viện Đại học Huế  chỉ là một thành viên gồm một số ban, lớp  đặt dưới quyền điều khiển của Viện Đại học Quốc gia (Sài Gòn). Tuy nhiên, chỉ một thời gian ngắn hoạt động, nhiều khó khăn xuất hiện. Một mặt, Huế xa Sài Gòn, thông tin liên lạc gặp nhiều trở ngại, thủ tục hành chính qua nhiều cấp, “ông Đại diện được xử dụng các quyền để giải quyết những việc thông thường và áp dụng thể lệ hành chính, còn quyết định thì thuộc về Bộ”; mặt khác, Viện Đại học Huế chỉ là một thành viên của Viện Đại học Sài Gòn, dẫn đến việc mất tính chủ động trong điều hành. Chính Bộ trưởng Quốc gia Giáo dục Nguyễn Dương Đôn đã thừa nhận: “Hiện nay, bậc đại học tại Huế đang trong thời kỳ tổ chức, nên vị Viện trưởng cần phải ở luôn tại đó để điều hành công việc thì mới mong thu được nhiều kết quả”. Vì vậy, giới lãnh đạo Viện Đại học Huế đã đề nghị chính quyền Sài Gòn cho Viện Đại học Huế một quy chế riêng và độc lập.

Ngày 13-7-1957, chính quyền Sài Gòn ký Sự Vụ lệnh số 314-GD/SVL cử Linh mục Cao Văn Luận giữ  chức Quyền Viện trưởng Viện Đại học Huế  thay thế ông Nguyễn Quang Trình. Tiếp theo, Lễ khai giảng đầu tiên của Viện Đại học Huế được tổ chức vào ngày 12-11-1957. Sau Lễ Khai giảng không lâu, ngày 18-11-1957, chính quyền Sài Gòn ra Sắc lệnh số 479-GD chính thức cử Linh mục Cao Văn Luận “giữ chức Quyền Viện trưởng Viện Đại học Huế thay thế Ô. Nguyễn Quang Trình, kể từ ngày 13-7-1957”.  Từ đây, Viện Đại học Huế đã trở thành một đơn vị trực thuộc Bộ Quốc gia Giáo dục (Sài Gòn).

Mặc dầu thành lập trong bối cảnh lịch sử đặc biệt, khi một nửa đất nước nằm trong quỹ đạo của chủ nghĩa thực dân mới, với bao cám dỗ vật chất và danh lợi trong ý đồ của chính trị của chính quyền Sài Gòn, song trong suốt 18 năm trước 1975, ngoài việc nghiên cứu, giảng dạy và học tập để xứng đáng với chỗ đứng của mình, giảng viên và sinh viên Viện Đại học Huế đã nhập cuộc, tham gia tích cực vào sự nghiệp giải phóng miền Nam, thống nhất đất nước. Trên cả hai mặt dựng nước và giữ nước, Viện Đại học Huế, nay là Đại học Huế, đã có những đóng góp xứng đáng, hình thành và xây đắp nên truyền thống rất đỗi tự hào, đòi hỏi các thế hệ nối tiếp nhau gìn giữ và phát huy.