Học bổng JDS dành cho cán bộ, công chức đang công tác tại các cơ quan nhà nước của Việt Nam có năng lực để theo học chương trình thạc sĩ bằng tiếng Anh trong thời gian  02 năm tại các trường đại học của Nhật Bản cho các ngành học sau: Tăng cường hệ thống kinh tế thị trường (Kinh tế công, Quản trị công), Giao thông/Phát triển đô thị, Năng lượng, Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Môi trường (Biến đổi khí hậu và Ngăn ngừa thảm họa),Tăng cường chức năng tư pháp (Luật) và Tăng cường năng lực hành chính công. Chương trình đào tạo sẽ trang bị những kỹ năng phân tích và quản lý hiện đại cho cán bộ để có thể thực hiện tốt nhiệm vụ quản lý nhà nước trong các lĩnh vực. Năm 2014, Chương trình dự kiến tiếp nhận tối đa 30 học viên thạc sĩ.