Đại học Huế bắt đầu tuyển sinh sau đại học từ năm 1998. Do yêu cầu nâng cao trình độ chuyên môn, nghiệp vụ và đào tạo cán bộ có trình độ cao cho cả nước đặc biệt là các tỉnh miền Trung, Tây Nguyên, Đại học Huế đã nhận thức rõ tầm quan trọng của bậc đào tạo này đối với tiêu chí đánh giá sự phát triển của một Đại học vùng. Hằng năm, Đại học Huế được phép tuyển sinh để đào tạo Tiến sĩ chuyên ngành với quy mô chỉ tiêu được giao là 20 nghiên cứu sinh (NCS). Riêng khoá 2008, số chỉ tiêu được giao là 40. Qua 11 khoá đào tạo, với 158 NCS, hiện nay, đã có 56 NCS bảo vệ thành công luận án tiến sĩ. Trong đó, Đại học Huế đã ra quyết định công nhận học vị và cấp bằng Tiến sĩ cho 53 NCS, có 19 NCS bảo vệ đạt điểm xuất sắc.

Bên cạnh những kết quả đã đạt được, công tác đào tạo nghiên cứu sinh vẫn còn một số khó khăn lớn như: quản lý đào tạo, cơ sở vật chất, tài chính, công tác cấp bằng... Những khó khăn đó đã được hội nghị bàn thảo và tìm hướng giải quyết.