Trước hết phải kể đến thành công trong công tác tái cấu trúc toàn Đại học Huế nhằm thực hiện chủ trương của Đảng theo tinh thần NG18 và 19/TW nhằm thu gọn đầu mối hành chính, tăng hiệu lực và hiệu quả điều hành, cùng với Chương trình hành động của Chính phủ và ngành Giáo dục & Đào tạo. Đại học Huế là Đại học duy nhất tái cấu trúc thành công trong hệ thống các đại học Việt Nam, với cách làm đồng thuận từ Đảng ủy và Hội đồng ĐH, Ban Giám đốc và Tập thể lãnh đạo, người lao động và đến nay có thể nói tinh gọn nhất và đang điều hành hiệu quả và phù hợp với mô hình Đại học Quốc gia. Đã hợp nhất, sáp nhập, giải thể các đơn vị khối hành chính Văn phòng, các Ban chức năng, các đơn vị thuộc và trực thuộc từ 12 đơn vị xuống còn 7 đơn vị. Đồng thời với việc giảm đầu mối hành chính, ĐHH tiến hành thành lập mới, nâng cấp các đơn vị thuộc và trực thuộc tăng cường phát triển các đơn vị đào tạo nhằm đáp ứng nhu cầu của xã hội và phát huy thế mạnh về nguồn lực của ĐHH. Đây không đơn thuần là việc tái cấu trúc mà là bước đi chiến lược nhằm nâng cao hiệu quả và vị thế của một đơn vị đại học vùng của VN trên bước đường trở thành Đại học Quốc gia. Nổi bật là việc thành lập Trường Du lịch - ĐHH trên cơ sở Khoa Du lịch. Đây là vấn đề cấp thiết, nhằm hoàn thiện mô hình đào tạo nhân lực ngành du lịch trình độ cao, đưa du lịch trở thành ngành kinh tế mũi nhọn của Huế và các tỉnh miền Trung - Tây Nguyên. Tiếp đó là thành lập Khoa Quốc tế, Khoa Kỹ thuật và Công nghệ, nâng cấp Trung tâm Khởi nghiệp và Đổi mới sáng tạo. Đồng thời, tái cấu trúc lại Khoa GDTC, Phân hiệu ĐH Huế tại Quảng Trị và nhà xuất bản, tạp chí khoa học ĐH Huế; nâng tầm của Viện Công nghệ sinh học quốc gia khu vực miền Trung.

Cơ cấu tổ chức của Đại học Huế hiện tại đã tiếp cận được với mô hình Đại học Quốc gia, bao gồm: Đảng ủy, Hội đồng Đại học, Ban Giám đốc, các ban chức năng, các đơn vị thành viên, các đơn vị trực thuộc, các đơn vị thuộc, Hội đồng khoa học và đào tạo và các hội đồng khác. Phát triển thêm các đơn vị chuyên môn, giảm các đơn vị hành chính.

Đại học Huế đang khẳng định vị trí và thương hiệu hướng đến tự chủ toàn diện theo mô hình quản trị hệ thống trường đại học với sứ mạng mới nhất trong chiến lược phát triển giai đoạn 2021 – 2030 và tầm nhìn đến 2045 là “thực hiện nhiệm vụ chiến lược quốc gia, nhiệm vụ phát triển vùng của đất nước; phát huy truyền thống đào tạo tinh hoa, chất lượng cao kết hợp với nghiên cứu khoa học đa ngành, đa lĩnh vực, tạo ra các sản phẩm khoa học - công nghệ tiên tiến, hiệu quả”. Tầm nhìn hướng đến một hệ thống đại học nghiên cứu đa ngành, đa lĩnh vực, tiên phong, trọng điểm của hệ thống giáo dục đại học Việt Nam và xếp hàng đầu châu Á, nhóm 500 thế giới vào năm 2045.

Sau gần 10 năm thực thực hiện Quy chế Tổ chức và Hoạt động của Đại học Vùng theo ý nghĩa giao quyền tự chủ cao cho 3 Đại học Vùng cả về chuyên môn, tổ chức bộ máy, nhân sự, tài chính,…và 3 năm thực hiện tự chủ giai đoạn 2019-2021 theo Nghị định số 43 của Chính phủ, Đại học Huế đã có bước phát triển mạnh mẽ, tỉ lệ đội ngũ cán bộ khoa học và quản lý trình độ cao tăng hơn; có nhiều nghiên cứu khoa học thành công và nhiều sản phẩm, công nghệ chuyển giao cho xã hội, xuất bản quốc tế tăng khá nhanh, ngành nghề mở mới đáp ứng nhu cầu xã hội, hệ thống bảo đảm chất lượng bên trong và kiểm định chất lượng đào tạo được quan tâm, đầu tư thực chất và đã bước đầu hình thành được văn hoá chất lượng. Đào tạo và phát triển đội ngũ các chuyên gia về kiểm định, bảo đảm chất lượng tầm quốc gia và quốc tế. Tính đến nay, Đại học Huế có 19 chương trình đào tạo trình độ đại học được công nhận kiểm định. Một số chương trình chuẩn bị kiểm định AUN-QA, ABET. Tỷ lệ tuyển sinh hằng năm luôn ở top cao trong cả nước. Điển hình năm 2021, tuyển sinh đại học đạt con số hơn 13.000 và có năm gần 14.000 sinh viên nhập học, Tuyển sinh sau đại học cũng ghi nhận sự vượt bậc về số lượng tuyển sinh cao học cũng như tiến sĩ và dự bị tiến sĩ, từ 2500 – 3500 học viên và NCS hàng năm, tăng 20 – 30 % so với giai đoạn trước.