Trường ĐH Nông Lâm bắt đầu đào tạo cao học từ năm 1993 với 3 chuyên ngành ban đầu: Trồng trọt, Chăn nuôi và Quản lý đất đai. Bên cạnh nhu cầu phát triển của xã hội về đội ngũ cán bộ có trình độ trên đại học, nhà trường đã không ngừng nâng cao chất lượng đào tạo, phát triển đội ngũ và cơ sở vật chất, đến nay trường đã xây dựng được 10 chuyên ngành đào tạo cao học (gồm các chuyên ngành: Khoa học cây trồng, Chăn nuôi, Thú y, Quản lý đất đại, Lâm học, Nuôi trồng thủy sản, Phát triển nông thôn, Kỹ thuật cơ khí, Bảo vệ thực vật và Công nghệ thực phẩm) và 5 chuyên ngành đào tạo Tiến sĩ (Chăn nuôi, Khoa học cây trồng, Quản lý đất đai, Lâm nghiệp, Phát triển nông thôn).  Hiện nay đã có 21 khoa cao học được đào tạo với số lượng hoc viên gần 1.800 học viên, trong đó có gần 1.200 học viên đã đươc công nhận học vị thạc sĩ khoa học và trên 500 học viên vẫn đang tiếp tục học tập.

Phát biểu tại buổi lễ, PGS.TS Lê Văn An, Hiệu trưởng nhà trường tin tưởng rằng, với khối lượng kiến thức được trang bị trong một môi trường học tập chuyên nghiệp cùng với sư nhiệt huyết, tính năng động và sự sáng tạo của mình các tân thạc sĩ sẽ có nhiều đóng góp mang lại lợi ích cho xã hội. Nhà trường luôn mong muốn sẽ tiếp tục nhận được sự hợp tác chặt chẽ với các học viên, những người cộng tác đắc lực với nhà trường trong đào tạo nghiên cứu khoa học, thông tin kịp thời những vấn đề mà thực tiễn sản xuất yêu cầu để nhà trường nghiên cứu bổ sung vào chương trình đào tạo, để có đóng góp nhiều hơn cho sản xuất.