Dưới đây là danh sách các Phó hiệu trưởng vừa được bổ nhiệm nhiệm kỳ 2004 - 2009:

• Đại học Y khoa:

          - PGS.TS. Hoàng Ngọc Chương, Phó Hiệu trưởng trường Đại học Y khoa nhiệm kỳ 2000 - 2004, tái bổ nhiệm

          - PGS.TS. Cao Ngọc Thành, Trưởng Bộ môn Phụ sản, Đại học Y Khoa 

• Đại học Nghệ thuật:

          - ThS. Phan Thanh Bình, Trưởng phòng QLKH-ĐN, Đại học Nghệ thuật

• Đại học Kinh tế:

         - PSG.TS. Hoàng Ngọc Hoà, Phó Hiệu trưởng trường Đại học Kinh tế nhiệm kỳ 2000 - 2004, tái bổ nhiệm

         - ThS.GVC Nguyễn Tài Phúc, Trưởng phòng GV-CTSV,  Đại học Kinh tế

• Đại học Khoa học:

         - PGS.TS. Nguyễn Văn Tận, Phó Hiệu trưởng trường Đại học Khoa học nhiệm kỳ 2000 - 2004, tái bổ nhiệm

         - ThS.GVC Nguyễn Đức Quang, Phó Hiệu trưởng trường Đại học Khoa học nhiệm kỳ 2000 - 2004, tái bổ nhiệm

• Đại học Ngoại ngữ:

         - ThS.GVC Nguyễn Văn Thanh, Phụ trách khoa Tiếng Nga, Đại học Ngoại ngữ

• Đại học Nông Lâm:

         - TS. Hoàng Mạnh Quân, Phó Hiệu trưởng trường Đại học Nông Lâm nhiệm kỳ 2000 - 2004, tái bổ nhiệm    

         - PGS.TS. Nguyễn Minh Hiếu, Trưởng khoa Nông học, Đại học Nông Lâm

Ngọc Trang - Đại học Huế