Năm năm qua, Đảng bộ Nhà Trường đã phát huy tốt vai trò hạt nhân chính trị lãnh đạo toàn thể đảng viên, cán bộ công chức và học sinh, sinh viên nhà trường đoàn kết nhất trí, vượt qua khó khăn, thử thách, phấn đấu thực hiện thành công Nghị quyết Đại hội Đảng bộ lần thứ XII, góp phần khẳng định vị thế của Trường Đại học Khoa học trong công tác đào tạo nguồn nhân lực có chất lượng, trong hoạt động khoa học công nghệ phục vụ sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.

Đại hội cũng đã thống nhất phương hướng và đề ra một số chỉ tiêu phấn đấu trong nhiệm kỳ 2010-2015:
1. Tích cực xây dựng đội ngũ, phấn đấu đến năm 2015 có 520-530 cán bộ công chức, trong đó có 75% cán bộ giảng dạy; 75% cán bộ giảng dạy có trình độ thạc sĩ trở lên, 25% là tiến sĩ, 7-8 % là GS và PGS; 80 % cán bộ lãnh đạo, quản lý từ phó trưởng đơn vị trực thuộc trường sử dụng được tiếng Anh trong công tác.
2. Phấn đấu đến năm 2015 có thêm 2-3 ngành đào tạo cử nhân, 3-5 chuyên ngành đào tạo thạc sĩ, 3-5 chuyên ngành đào tạo tiến sĩ, mở 1-2 ngành cử nhân theo chương trình tiên tiến, 1-2 chương trình liên kết đào tạo thạc sĩ với nước ngoài. Quy mô tuyển sinh đại học chính quy hàng năm tăng 7-8 %, cao học tăng 9-10%.
3. Thực hiện đổi mới nội dung, phương pháp giảng dạy, xây dựng ngân hàng đề thi ở 100% ngành học và môn học do cán bộ của trường phụ trách. Đến cuối nhiệm kỳ, 100% bài giảng các môn học được vi tính hoá và in ấn, 25-30% bài giảng được đưa lên mạng, 35-40 giáo trình được xuất bản.
4. Phấn đấu trong nhiệm kỳ 2010 - 2015, số lượng đề tài nghiên cứu khoa học các cấp tăng 20% so với nhiệm kỳ 2005 - 2010; có ít nhất 1 đề tài độc lập cấp Nhà nước, 4-5 đề tài cấp Bộ và đề tài nghiên cứu triển khai ứng dụng. Kinh phí đầu tư cho hoạt động khoa học công nghệ đạt 4-5 tỷ đồng/năm.
5. Tổ chức thực hiện tốt các dự án nghiên cứu khoa học với nước ngoài đã có; chủ động tìm kiếm đối tác để xây dựng 7-8 dự án mới.
6. Triển khai xây dựng nhà KH4, nhà khách; 50% phòng học đại học và 100% phòng học cao học được trang bị máy chiếu Projector; xây dựng 1-2 dự án đầu tư trang thiết bị cho các ngành đào tạo theo chương trình tiên tiến nước ngoài; phối hợp với Đại học Huế triển khai quy hoạch chi tiết và xây dựng cơ sở mới của trường tại Trường Bia.
7. Xây dựng Đảng bộ, các chi bộ trong sạch vững mạnh. Hàng năm có 99% đảng viên đủ tư cách, hoàn thành tốt nhiệm vụ, 20% đảng viên đủ tư cách hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ. Kết nạp 120 đảng viên mới, trong đó 50-60% đảng viên là sinh viên.