Đặc biệt, bắt đầu từ năm học 2018, Nhà trường đã từng bước đổi mới toàn diện chương trình đào tạo và giảng dạy theo hướng tích hợp dựa trên năng lực cho hai ngành Y khoa và Răng Hàm Mặt để đáp ứng nhu cầu xã hội và hội nhập quốc tế. Trong năm học 2023-2024, Trường Đại học Y - Dược, Đại học Huế có khoá sinh viên đầu tiên của chương trình đào tạo tích hợp dựa trên năng lực của ngành Y khoa và Răng Hàm Mặt tốt nghiệp với thành tích cao: ngành Y khoa có 12 sinh viên đạt loại xuất sắc, 111 sinh viên đạt loại giỏi; ngành Răng Hàm Mặt có 1 sinh viên đạt loại xuất sắc và 33 sinh viên đạt loại giỏi trong tổng số 115 sinh viên tốt nghiệp.

Sau khi tốt nghiệp chương trình đổi mới của Nhà trường, các bác sĩ có thể tiếp tục thi tuyển 1 trong 17 chuyên ngành chương trình Bác sĩ nội trú bệnh viện của Trường vào tháng 10/2024. Nếu trúng tuyển, các tân bác sĩ sẽ tiếp tục theo học chương trình Bác sĩ nội trú bệnh viện vừa được Nhà trường đổi mới với sự giúp đỡ, tư vấn của tổ chức HAIVN. Ngoài ra, các bác sĩ, dược sĩ, cử nhân vừa mới tốt nghiệp có thể tham gia tuyển sinh Cao học vào tháng 9 năm 2024 để học lên chương trình Thạc sĩ của Trường. Đối với những em tốt nghiệp bằng giỏi hoặc xuất sắc, có thể tham gia ứng tuyển chương trình Tiến sĩ của Đại học Huế sẽ xét tuyển vào các chẵn trong năm. Cuối cùng, các tân bác sĩ, cử nhân có thể lựa chọn chương trình thực hành nghề nghiệp (từ 9 tháng đến 1 năm) để đủ điều kiện cấp giấy phép hành nghề và tham gia vào công tác khám chữa bệnh tại các cơ sở y tế.

Trong những năm qua, Trường cũng đã tiến hành các công tác kiểm định cơ sở giáo dục, kiểm định chương trình đào tạo trong tiến trình xây dựng văn hoá chất lượng và cải tiến liên tục. Đến nay, Trường Đại học Y - Dược, Đại học Huế đã nhận được giấy kiểm định cơ sở giáo dục đạt chuẩn của Bộ Giáo dục & Đào tạo cho chu kỳ 2017-2022 và 2022-2027, có 03 chương trình đào tạo đại học đạt chuẩn kiểm định của Bộ Giáo dục & Đào tạo (Dược, Điều dưỡng và Y tế công cộng) và 01 chương trình đào tạo đại học ngành Kỹ  thuật xét nghiệm Y học đạt chuẩn AUN-QA. Đây là chương trình đào tạo đầu tiên của Nhà trường và cũng là của toàn Đại học Huế được kiểm định theo tiêu chuẩn chất lượng của Hiệp hội các trường đại học Đông Nam Á với thời hạn 5 năm và được cấp Giấy chứng nhận số AP1063HUJUL2023.